Наиболее загадочной оказалась центральная постройка монастыря - четырех-столпный, трехапсидный, со сводчатым подцерковьем и луковичной главой Николь­ский собор. С 1958 г. он стоит, словно раздетый: сбита штукатурка, обнажена кладка. Реставраторы, пытаясь освободить первоначальное здание, «сгоряча» сломали обст­ройку собора конца XVII в., при этом погибло и крыльцо с лестницей в главный мо­литвенный зал. Здание было законсервировано, зато выяснилось, что его кладка включала целые блоки, сложенные из чередующихся рядов серого плитняка и плинфы на известковом растворе с примесью толченого кирпича. В этой же технике были выполнены и подкупольные столбы до высоты сводов подцерковья. В западной стене церкви уцелела часть лестницы на хоры. Раскопки и натурные исследования привели специалистов к убеждению, что нижняя часть храма возведена во второй половине XII в., скорее всего в 1160-е гг., а верхняя его часть построена в более позднее время. При этом строители стремились возвести новые части как можно ближе к исходному образцу. Так над землей возник как бы двойник по большей части несохранившегося сооружения. Что же произошло с церковью? В начале XVII в., в Смутное время, Ладога, как уже упоминалось, сильно пострада­ла. В монастырских документах 1622 и 1628 гг. записа­но, что «монастырь Николая Чудотворца в Ладоге на посаде от немецких людей стоит разорен до основа­ния», а каменная церковь Николы «рассыпалась». В грамоте 1620 г. есть добавление о том, что «немецкие люди образы и колокола, и свечи и паникадила и всякую монастырскую казну, лошадей и коров и хлеб монас­тырский в житницах в монастыре и по селам весь погра­били (...) и старцев и слуг и крестьян многих побили до смерти (...) а церкви каменные разломали и их разорили до основания»". По случайности после столь тотально­го погрома нижняя часть Никольской церкви все же уцелела, а в 1668 г. храм «казною ла­дожского торгового человека Антипы Романова сына Гиблого» был «состро­ен». В тот период более ранние пра-отеческие постройки почитались до­стойными подражания, поэтому церковь намеренно восстановили на прежнем основании. В конце ХVII-на-чале XIX в. к зданию с северной и за­падной сторон были пристроены сло­манные в 1958 г. придел и паперть с крыльцами.

    Храм был расписан фресковой жи­вописью. Сопоставив обломки найден­ных фресок и выяснив стилистику пись­ма, сходную с фресками св. Георгия, искусствовед Б.Г. Васильев предполо­жил, что постройка была украшена рос­писью, а стало быть, и построена, в 1160-е гг. Похоже, что он прав.
     Храмы во имя св. Николая ставили «от потопа и беды на войне и на море». В синодиках монастыря, относящихся к XVII в., сохранилась запись о том, что создателями обители были Стефан, Давид, Дмитрий и их сродники, далее приписан Григорий и его сродники. В документы такого рода заносились крестильные имена без дат. Как говорится, перед Богом все равны. Возможно, что речь идет о купцах одной или нескольких торговых артелей, дей­ствовавших еще в XII в. и заказавших постройку храма. Не исключено, что в тот период храм был посадским, городским, а не монастырским. К зданию вплотную подходит и частью подстилает его фундамент культур­ный слой с находками Х-ХП вв. Очевидно, что сама церковь находилась некогда в гуще посадских строе­ний. И местоположение храма, и сведения о фундаторах обители повышают вероятность того факта, что она была воздвигнута по заказу не князя или епископа, а посадских, скорее все­го, торговых людей. Это наблюдение приоткрывает тайну о возможных за­казчиках других каменных церквей Ла­доги домонгольского периода. Описан­ное сооружение, таким образом, предстает как архитектурный памятник XII-ХVII вв. Что же делать с ним те­перь? Оно закрыто кровлей, в трещины в стенах закачан под давлением рас­твор. Блоки кладки как бы склеены. Предложен проект восстановления (ар­хитектором А.Г. Гусевой). В 1996 г. мы писали, что будущее использование здания для музейных нужд вряд ли оправдано. Не луч­ше ли возвратить его и окружающий архитектурный комплекс (включающий ограду, кельи и хозяйственные постройки XIX- начала XX в.) законному владельцу -православной церкви.